瓦房店市由复县改称，复县源出复州。复州名称始于辽代。
辽契丹神册四年（公元年），耶律阿保机灭渤海国以后，“虑女真为患”，将其强宗大姓数千户移置辽南，“以分其势，使不得相通”。其时，扶余城（今吉林省农安县）的居民被迁至今复州城。并将此城命名“扶州”，后改为复州。复州城历史上曾几度繁荣，为明代复州卫和清代复州治所。年，复州改为复县，县公署仍驻复州城。年，复县公署由复州城迁往瓦房店，至此，瓦房店才取代了复州城作为瓦房店地区*治、经济、文化、交通中心的地位。
解放战争时期，即年8月，瓦房店市曾一度为辽宁省*府所在地，成为省会城市，瓦房店市名称始此。复县*府机关则迁回复州城。年，辽宁省*府迁安东（年改称丹东），撤销瓦房店市建制，改称瓦房店镇，隶属复县。此时复县*府机关由复州城迁回瓦房店镇。
年1月17日，经国务院批准：撤销复县建制，设立瓦房店市（县级）。4月1日挂牌。
昔日瓦房店是一片树林、杂草丛生的洼地，只有七八户人家。相传，清康熙年间，王姓、曲姓和金、栾两姓合伙在这里开设了一家招商客店。其中曲姓开的店房是瓦房，被称为瓦房店，久之，瓦房店就成了地名、村名、镇名。年中长铁路建成通车后，取瓦房店为火车站名。