一是对排污许可制度实施重视不够。部分持证企业对排污许可管理制度思想认识不到位，重视程度不高，缺乏相关专业环保人员和技术支撑，重申领轻落实，依证排污和落实许可证管理规定有欠缺，过期不换证，未在生产经营场所内方便公众监督的位置悬挂排污许可证正本。
例如：榆林某能源分公司未落实整改承诺，未购买总量；陕西某矿业公司不落实燃煤锅炉拆改，锅炉废气年无许可量，不依证排污。
二是排污许可申报不规范。部分企业在主要生产设施、污染防治设施、排放口等申报中与现场实际有出入，存在漏报、误报情形。
例如：咸阳某肥料公司许可证填报废气排放口2个，现场核查4个；陕西某化工公司未申报焦炉应急排放口和筛焦、转运站等除尘器排放口；某果汁公司建有4吨天然气锅炉5台，与排污许可证申报8吨天然气锅炉2台不一致，未申报果渣烘干生产线（10吨燃煤热风炉）及配套沉降室+旋风除尘器；府谷县某兰炭公司3台生活用锅炉未纳入排污许可证管理，余热发电未载入许可证。
三是排污许可证未及时变更。部分企业未在新修订的《挥发性有机物无组织排放控制标准》（GB-）、《锅炉大气污染物排放标准》（DB61/-）、《关中地区重点行业大气污染物排放标准》（DB61/-）等标准实施前或污染治理设施改变后及时变更排污许可证。
例如：蒲城某化工公司等企业未变更锅炉标准；某陶瓷公司等未变更陶瓷行业标准。
四是整改措施未按要求落实。部分要求改正和限期整改的持证企业未按期完成整改。
例如：神木市某污水处理厂未完成污泥处理段的“干化场”恶臭气体达标排放的整改要求；陕西某材料公司未按规定落实废气排放口自动在线监测设施安装。
五是排污口设置不规范。部分企业排污口设置不满足《排污口规范化整治技术要求（试行）》或排污单位执行的排放标准中有关排放口设置的规定。
例如：渭南某屠宰公司焚烧炉排气筒高度约5米，达不到15米高度要求；府谷县某镁合金公司制备车间收尘管道与集气罩断开，管道破损，排放口不符合规范,各大气排放口均无标识牌。
六是存在超标超总量排污现象。个别企业因提标改造滞后、治污设施不完善、生产管控措施不到位而导致超标排放现象发生。
例如：宝鸡某陶瓷公司今年4月2日至4日喷雾干燥塔颗粒物超标排放；韩城市某水务公司提标改造进展缓慢，四月份出水超标现象比较严重；陕西某炼油厂万吨/年催化裂化装置硫磺回收焚烧炉废气二氧化硫个别日均值浓度超标。
七是污染物排放总量核算不准确。部分企业在计算排污量时采用的计算方法有误、数据来源不清、数据失真，致使无法准确核算实际排污量，难以判定是否符合许可排放量要求。
例如：某水泥公司煤磨采用窑尾燃烧烟气烘干，实际排放量未计算煤磨氮氧化物及二氧化硫排放量；陕西某材料公司年执行报告中核算废水污染物实际排放量时使用废水在线监测年浓度平均值与年流量的乘积，与技术规范要求的日平均浓度与日流量的累积值不符。
八是环评和环保“三同时”制度执行不到位。个别企业仍然存在未批先建、未同步建设污染治理设施、未验先投等环境违法行为。
例如：某酿酒公司无环评文件；某新能源公司1台KW发电机组、某热力供应中心1台45MW天然气锅炉等项目未验先投；某磷化公司未安装颗粒物自动监测设施，过普车间破碎、传输、分装工段无粉尘收集、处理设施。
九是污染治理设施不正常运行或通过逃避监管方式排放污染物。个别企业通过不正常运行污染防治设施、渗坑、暗管等方式直接排放污染物。
例如：西安某建材公司粉状上料口无集气设施，物料罐顶排气筒设置不规范；宝鸡某陶瓷公司喷雾塔落料及转运无集尘设施，制坯及粉料球磨机落料口对应布袋除尘器反吹异常。
十是排污许可证规定的环境管理要求执行不到位。主要涵盖三种情况，如下。
第一种情况是自行监测要求执行不到位。检查发现，部分企业人工监测指标漏项、频次不足，污染物自动监测设备安装不规范，设置不规范，维护不到位。
例如：西安某金属材料公司废水在线监测设备COD、氨氮、六价铬、总镍监测仪器每晚20时至次日早8时不采样检测；某新技术公司氨氮、悬浮物均未监测；渭南某屠宰分公司未按要求监测焚烧炉颗粒物、二氧化硫、氮氧化物和厂界氨、硫化氢、臭气浓度等。
第二种情况是台账未按要求记录。部分企业无环境管理台账，排污许可台帐中生产设施、污染防治设施运行记录不完整。
例如：渭南市某塑业公司、洛南县某化工公司无环境管理台账；西安市某肉业公司、陕西某冶炼公司等管理台账记录不规范。
第三种情况是执行报告提交不规范。个别企业没有编制提交排污许可证执行报告，或执行报告频次不够、内容不完整、提交不及时、信息未公开。
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